Inaugurado em 1937, o museu situa-se desde 2001 em novas e modernas instalações, desenhadas pelos arquitectos Nuno e José Mateus. Dedica boa parte do seu espaço à relação dos habitantes locais com a água. Duas exposições permanentes evocam dois dos eixos centrais desse tema: a pesca do bacalhau nas águas da Terra Nova (em lugres à vela, de madeira, servindo de base a flotilhas de dóris a remos, tripulados por um só homem) e a faina da ria de Aveiro (pesca e apanha do moliço). Um pólo exterior do museu acolhe o antigo arrastão Santo André, lançado à água em 1948 e que correspondeu à fase seguinte da pesca ao bacalhau, já mecanizada. Este navio-museu inaugurado em Janeiro de 2007 vale bem uma visita: podem ver-se a casa das máquinas, a cozinha e refeitório, os camarotes e até o grande porão do bacalhau.